Futbol, Fenerbahçe Spor Kulübü' nün en önemli şubesidir.Kulüp gelirlerinin büyük bir kısmı bu şube için harcanır.Şube 1959'dan beri düzenlenen Türkiye Ligi'nde 17 kez şampiyonluğa ulaşmıştır. Ayrıca 4 kez Türkiye Kupası, 1 kez Türkiye Süper Kupası, 7 kez Cumhurbaşkanlığı Kupası ve 8 kez Başbakanlık Kupası' nda şampiyon olmuştur. Avrupa kupalarındaki en büyük başarısına ise 2007-2008 sezonunda Şampiyonlar Ligi' nde Çeyrek Final' e kalarak ulaşmıştır.Futbol Para Ligi raporlarının yayınlanmaya başladığı 1996-1997 yılından bu yana dünyanın en zengin 20 kulübünün arasına giren ilk Türk futbol kulübü ise Fenerbahçe oldu. Fenerbahçe listeye 111,3 milyon euro ile 7. sırada.
İlk yılında 5.oldu. İlk takımın içinde Ziya Songül, Ayetullah Bey, Necip Okaner, Galip Kulaksızoğlu, Hassan Sami Kocamemi, Asaf Beşpınar, Enver Yetiker, Şevkati Hulusi Bey, Fuat Hüsnü Kayacan, Hamit Hüsnü Kayacan ve Nasuhi Baydar vardı. 1912-1913 sezonuna kadar kulüp bir başarı elde edemedi. 1912-1913 yılında ise namağlup şampiyon oldu.